Hiện nay trên địa bàn huyện có 2 Khu công nghiệp và 3 Cụm công nghiệp đang hoạt động và theo qui hoạch đến năm 2020 huyện sẽ tiếp tục hình thành và phát triển thêm 3 Khu công nghiệp và 2 cụm công nghiệp.
* Hai Khu công nghiệp:
1/ Khu công nghiệp Tây Bắc Củ Chi có diện tích 380 ha. Vị trí nằm kế cận khu dân cư Thị trấn , một phần xã Tân An Hội và xã Trung Lập Hạ. Đây là khu công nghiệp nhẹ, không gây ô nhiễm nguồn nước. Khu này đã xây dựng cơ sở hạ tầng, hệ thống thoát nước, hệ thống xử lý chất thải nội bộ. Hiện nay đã hoàn thành giai đoạn 1 với diện tích cho thuê là 127 ha, thu hút 23 doanh nghiệp vào đầu tư.
2/ Khu công nghiệp Tân Phú Trung có diện tích 543 ha. Vị trí nằm cặp kênh Thầy Cai – xã Tân Phú Trung và một phần xã Tân Thông Hội. Đây là khu công nghiệp thông thường, phục vụ cho việc di dời các cơ sở công nghiệp trong nội thành, không gây ô nhiễm nặng nguồn nước. Hiện có 47 doanh nghiệp đã đầu tư sản xuất kinh doanh tại đây.
* Ba cụm công nghiệp:
1/ Cụm công nghiệp Tân Qui - Khu A có diện tích 65 ha (Khu vực hiện hữu). Vị trí nằm ở xã Trung An. Đây là cụm công nghiệp thông thường, ít gây ô nhiễm môi trường về nguồn nước, với các nghề như giày da, điện tử, chế biến thực phẩm, cơ khí… Hiện có 5 doanh nghiệp đang hoạt động nằm xen kẽ dân cư với diện tích 14,27 ha.
2/ Cụm công nghiệp Tân Qui – Khu B có diện tích 97 ha. Vị trí nằm ở ấp 12 – xã Tân Thạnh Đông. Đây là cụm công nghiệp thông thường, ít gây ô nhiễm môi trường về nguồn nước với các ngành nghề như giày da, điện tử, chế biến thực phẩm, cơ khí… Hiện có 16 doanh nghiệp đầu tư với diện tích 61 ha, trong đó có 12 doanh nghiệp đang hoạt động..
3/ Cụm công nghiệp cơ khí Samco có diện tích 99 ha. Ngoài ra có 12 ha tái định cư. Vị trí nằm ở xã Tân Thạnh Đông và Hòa Phú.
Theo qui hoạch sử dụng đất đai huyện Củ Chi đến năm 2025 đã được UBND Thành phố phê duyệt theo quyết định 2675 ngày 21/6/2007 về điều chỉnh qui hoạch chung xây dựng huyện Củ Chi đến 2025 và quyết định số 4890 của UBND thành phố ngày 22/10/2007 về duyệt điều chỉnh cục bộ qui hoạch xây dựng các cụm công nghiệp địa phương thành phố đến năm 2025, dự kiến trên địa bàn huyện sẽ tiếp tục hình thành và phát triển thêm 2 Khu công nghiệp tập trung và 3 cụm công nghiệp, đó là:
* Hai Khu công nghiệp:
1/ Khu công nghiệp Đông Nam Củ Chi chuyên ngành cơ khí chế tạo có diện tích 500 ha. Vị trí thuộc xã Bình Mỹ.
2/ Khu công nghiệp Bàu Đưng có diện tích 175 ha. Ngoài ra còn có khu tái định cư 50 ha. Vị trí thuộc ấp Bàu Đưng – xã An Nhơn Tây – nằm cạnh Thảo cầm viên và Đền Gia Định. Đây là Khu công nghiệp cơ khí và gia công chế biến.
* 2 Cụm công nghiệp:
1/ Cụm công nghiệp Phạm Văn Cội có diện tích 75 ha. Vị trí thuộc xã Phạm Văn Cội. Đây là Khu công nghiệp phục vụ chăn nuôi, chế biến thức ăn gia súc và chế biến thực phẩm ngành nông nghiệp của thành phố. Hiện có 7 doanh nghiệp đầu tư vào cụm này.
2/ Cụm công nghiệp Bàu Trăn có diện tích 95 ha. Vị trí thuộc xã Nhuận Đức. Đây là cụm công nghiệp nhẹ, không gây ô nhiễm môi trường. Hiện có 4 doanh nghiệp đầu tư tại đây.
Ngoài ra còn 1 Khu công nghiệp huyện đã trình và đang chờ thành phố phê duyệt, đó là Khu công nghiệp hóa dược Phước Hiệp có diện tích 200 ha. Vị trí thuộc xã Phước Hiệp.
Cũng theo qui hoạch, Huyện còn hình thành Trung tâm nông nghiệp kỹ thuật cao với diện tích 100ha tại xã Phạm Văn Cội .
Qui hoạch các khu vực công nghiệp xanh – sạch ven đường ngoài khu dân cư như: - Đường Võ Văn Bích – xã Bình Mỹ
- Đường Tỉnh lộ 2 – xã Tân Phú Trung và xã Phước Vĩnh An.
- Đường Hồ Văn Tắng, đi qua các xã tân Phú Trung, Tân Thạnh Đông và xã Tân Thạnh Tây.
- Ngã tư Sở – giao Tỉnh lộ 7, Tỉnh lộ 2 mỗi hường 1.000m thuộc xã Trung Lập Thượng và xã Trung Lập Hạ
(10/06/2008)